SNP Mikroarray Yöntemi ile Kalıtsal Metabolik Hastalıklardan Sorumlu Genlerin Tanımlanması

Abstract

Kalıtsal metabolik hastalıklar protein, karbonhidrat ve yağ asitlerinin sentez ya da yıkım yolaklarındaki bozukluklar sonucu ortaya çıkan kalıtsal tek gen bozukluklarıdır. Bu çalışmada, kompleks fenotip sergileyen ayrıntılı klinik ve laboratuar çalışması yapılmış ve otozomal çekinik kalıtım modeli gösteren metabolik/nörometabolik hastalık sahibi altı ailede genom boyu genotiplendirme ve homozigotluk haritalaması analizleri ile hastalıktan sorumlu gen lokusunun bulunması ve bu lokuslarda yer alan aday genlerdeki hastalık nedeni olan mutasyonun saptanması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında genom boyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP Mikroarray yöntemi kullanılmış olup, otozomal çekinik kalıtım modeli esas alınarak yapılan haplotip analizleri sonucunda metabolik/nörometabolik hastalığı olan ailelerde C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG ve SNX14 genleri hastalıktan sorumlu aday genler olarak belirlenmiştir. Belirlenen aday genlerin tüm ekzonları otomatik DNA dizi analizi yöntemi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon analizleri sonucunda, SNX14 geninde c.1108+1181_2108-2342del, C19orf70 geninde IVS3-2A>G, HIKESHI geninde ise c.160G>C;p.Val54Leu mutasyonları olmak üzere daha önce tanımlanmış üç mutasyon, CLN8 geninde ise yeni bir mutasyon c.221G>A;p.Gly74Asp mutasyonu saptanmıştır. Çalışma kapsamına alınan aileler, konvansiyonel metotlar ile (metabolit tarama, enzim analizleri, radyolojik incelemeler ya da tek gen mutasyon taramaları) bilinen metabolik/nörometabolik hastalıkların disiplinler arası ayrıntılı çalışmalar ile dışlandığı, tanı konulamamış hastalardır. Bu çalışma ile yüksek ölçekli SNP çipleri kullanılarak ailelerde hastalıklardan sorumlu lokus ve genler başarılı bir şekilde belirlenmiştir. Homozigotluk haritalama yöntemi, özellikle etkilenmiş bir ya da iki hasta çocuğun olduğu çekirdek ailelerde hastalıktan sorumlu genlerin bulunması bakımından oldukça etkin bir şekilde kullanılmıştır. Anahtar Kelimeler: Genetik haritalama, kalıtsal metabolik hastalıklar, mikroarray, SNP